60%患者呈无症状的亚临床经过，仅在球孢子菌皮试检查时发现，40%的患者临床表现各异，主要有以下类型：
1.原发性肺球孢子菌病 感染10～16天后出现流感样症状，干咳，偶有血丝痰，常有胸痛，胸部体征常阴性，20%患者有结膜炎，变形性红斑，结节性红斑等过敏性皮肤损害，可伴有多发性浆膜炎(胸膜炎，心包炎，关节炎)，病程呈自限性，6～8周内症状可消退，感染初期易发生临床的真菌血症，但引起肺外破坏性病变的甚少，主要见于皮肤，关节，骨骼和脑膜。
X线表现为肺门淋巴结肿大，胸膜反应和胸腔积液，肺内结节病灶起病6～8周内可消退，极少残留肺部异常，常见的为肺球孢子菌结节及空洞。
2.慢性进行性球孢子菌肺炎 在原发感染8周以后，肺部病灶持续存在，且病变逐渐恶化，表现为持续低热，咳嗽，厌食，体重下降，部分患者有咯血，病程缓慢而长，可达数月至数年。
X线表现为肺段或肺叶的浸润阴影，多发性空洞和纤维结节病灶，多数空洞为2～4cm，少数为大空洞(>6cm)，典型的为薄壁，周围无明显炎症浸润，以两上肺多见，球孢子菌性结节通常无钙化，倍增时间为1年以上。
3.粟粒样肺球孢子菌病 此型为原发性肺球孢子菌病的严重合并症，病原菌经血行播散至全肺野及肺外其他脏器，常在原发性肺孢子菌病程早期出现，亦可为慢性进行性的晚期并发症，如发于免疫抑制者和有严重基础病和易感种族，临床及X线表现酷似粟粒性肺结核，免疫受损的宿主，可迅速发展为呼吸衰竭，血源播散可累及皮肤，关节，淋巴结，脑膜，肝脾等脏器。
