由于肠道病毒的无症状感染常见，而病毒则往往仅在粪便中被分离出而不能从病变部位检出，或只通过血清学检查下诊断，因此除少数病例能确定该临床表现是由某型肠道病毒引起外，大多数病例只能被认为是与某一肠道病毒有关，临床上有多种不同的表现：
1.疱疹性咽峡炎(herpangina)
主要由柯萨奇A组病毒(A1～A6，A8，A10，A22)所引起，其他A组病毒，B1～B5病毒较少见，常见于1～7岁儿童，好发于夏秋季，呈散发性发病或流行暴发，同一患者可重复多次发生由不同型别病毒引起的本病。
2.无菌性脑膜炎(aseptic meningitis)
肠道病毒是无菌性脑膜炎最常见的病原体，占所有病例数的90%以上，在温带，肠道病毒引起的脑膜炎好发于夏季;在热带，则全年发病，呈地方性，多见于青少年和儿童，尤其是1岁以下婴儿，柯萨奇病毒中80%可引起本病，常见的血清型为B2～B5，A7和A9，各型的潜伏期不同，如A9为2～12天，B5为3～5天，但各型的临床表现无特异性。
典型病例起病突然，或先有数小时寒战，高热，然后出现剧烈前额及眼球后痛，热型不规则，可有双相热，疲乏，嗜睡，肌痛，恶心及呕吐，常有咽炎和上呼吸道感染表现，较少见的症状为怕光，耳鸣，眩晕，胸腹痛和感觉异常，部分病例同时有皮疹，脑膜刺激征常在起病1～3天后变得明显，但远较化脓性脑膜炎为轻，部分病例先有2～6天的前驱症状(发热，肌痛等)，继以短暂(1至数日)的症状改善及热度下降，然后再出现发热及脑膜刺激征，双相热型相当于两次病毒血症的发展阶段，患者的一般情况良好，神志大多清晰，锥体系征，凯尔尼格征，布鲁津斯基征等很少呈强阳性，深浅反射正常或稍活跃，1岁以下婴儿脑膜刺激征多缺如，或仅有颈，背部稍强直，但在5%～10%病例中可出现惊厥，木僵，昏迷，感觉或运动障碍。
