潜伏期短，超过72小时的病例可基本排除食物中毒，金黄色葡萄球菌食物中毒由积蓄在食物中的肠毒素引起，潜伏期1～6小时，产气荚膜杆菌进入人体后产生不耐热肠毒素，潜伏期8～16小时，侵袭性细菌如沙门氏菌，副溶血弧菌，变形杆菌等引起的食物中毒，潜伏期一般为16～48小时。
临床表现以急性胃肠炎为主，如恶心，呕吐，腹痛，腹泻等，葡萄球菌食物中毒呕吐较明显，呕吐物含胆汁，有时带血和粘液，腹痛以上腹部及脐周多见，腹泻频繁，多为黄色稀便和水样便，侵袭性细菌引起的食物中毒，可有发热，腹部阵发性绞痛和粘液脓血便，副溶血弧菌食物中毒的部分病例大便呈血水样，产气荚膜杆菌A型菌病情较轻，少数C型和F型可引起出血性坏死性肠炎，莫根变形杆菌还可发生颜面潮红，头痛，荨麻疹等过敏症状，腹泻严重者可导致脱水，酸中毒，甚至休克。
