临床上将本病分为成人淋球菌性结膜炎和新生儿淋球菌性结膜炎。
成人淋球菌性结膜炎潜伏期短，为数小时至3天，通常从一侧开始，但大多累及双眼，起病急骤，病情呈进行性发展，眼痛，畏光，流泪等症状明显，眼睑高度肿胀，疼痛，伴睑结膜高度充血，伴小出血点及假膜形成，球结膜水肿，重者突出于睑裂外，耳前淋巴结肿痛，重症患者甚至可出现耳前淋巴结的化脓，本病特点是有大量的分泌物，早期分泌物为浆液性或血性，结膜刮片上皮细胞胞质内可见双球菌存在，3～5天后，眼睑肿胀有所减轻，并出现大量脓性分泌物，不断从结膜囊流出，形成典型的脓漏现象，此时分泌物中有大量淋球菌;经过2～3周，脓性分泌物逐渐减少，结膜水肿消退，睑结膜高度肥厚，乳头增生，可持续数月之久，最终炎症消退，睑结膜上可留有较深的瘢痕。
新生儿淋球菌性结膜炎是新生儿眼炎的主要原因，大多经母亲产道感染，发病率约为0.04%，潜伏期2～4天，双眼多同时受累，临床表现与成人相似，为严重的急性化脓性结膜炎，但临床过程较成人稍缓和，角膜并发症较成人少且发生晚而轻，但如果治疗不及时也会发生角膜溃疡和穿孔，且多因发生在角膜中央而严重影响视力。
