马内菲青霉病常隐匿发病，潜伏期难以估计，临床上本病分为病灶型与进行播散型：
1.病灶型
原发病灶与真菌入侵门户有关，由于病原主要由呼吸道入侵，因此原发症状主要在肺，临床表现似肺结核，极易误诊，也可无症状或者有症状而被潜在疾病掩盖。
2.进行播散型
临床表现复杂，主要累及肺，肝，肠，淋巴结，扁桃体，皮肤，骨，骨髓，肾和脾等器官，其中尤以肺和肝受累最多且严重，可有典型症状，突然发病，高热，寒战，食欲减退，进行性消瘦，全身淋巴结肿大，肝脾大，咳嗽，心包炎，贫血，白细胞升高及播散性脓肿等，皮肤损害是播散型马内菲青霉病的临床特征，常成为播散型病例首先引起注意的体征，皮损常见于面部，躯干上部及上肢，皮损种类多样，可出现丘疹，斑丘疹，结节，坏死性丘疹，传染性软疣样丘疹，痤疮样损害，毛囊炎及溃疡等，有人认为坏死性丘疹是本病最特征性的表现，隆起于皮肤的丘疹中央发生坏死，坏死处凹陷呈脐窝状，皮损中容易查到马内菲青霉，对临床诊断很有帮助。
