一些患者急性突发起病(flare-up)，急性期食管克罗恩病因有食管炎或食管溃疡常引起吞咽疼痛，疼痛多位于胸骨后，口腔，咽部可见溃疡，会阴部亦可出现溃疡，经皮质类固醇治疗可能使食管溃疡愈合，一些患者可发展为慢性病变，这种全壁层的炎症和狭窄可导致吞咽困难和吞咽疼痛，恶心，患者常伴有食欲不振，倦怠，体重减轻，可伴有发热，关节痛，结节性红斑，贫血，口眼皮肤舍格伦综合征(干燥综合征)等胃肠道外表现，急性期血沉增快。
