因发生的部位，大小，类型及有无胃黏膜，临床表现有所不同，一般可终身无症状，发生合并症时才出现症状。
1.消化道梗阻：回肠，回盲部，空腔部的重复畸形发病率高，故小肠梗阻症状最为常见，囊状或管状畸形均可压迫肠腔，是造成梗阻的主要原因，囊状由于黏膜可分泌大量液体，腔内压力增加，囊肿胀大，引起梗阻，管状如近侧端与肠腔相通，远侧为盲端，由于肠内容的积聚和扩大，也可出现部分性肠梗阻，表现为反复呕吐和腹胀，位于回盲端的重复畸形有时于右下腹部可触及，肠系膜内较大囊肿可发生扭转，也可引起肠扭转而造成绞窄性肠梗阻，回盲部肠壁内囊肿可引起肠套叠，胃及十二指肠之囊状畸形常较小，但在新生儿期可引起幽门或十二指肠梗阻，左上腹可触及囊性肿物，伴呕吐，可呕血或便血。
2.消化道出血：管状重复畸形开口于正常肠腔内者，如有迷生的胃黏膜，常可继发消化性溃疡，出血甚至穿孔，反复呕血及便血，以致贫血。
3.位于胸腔内的消化道重复畸形：可引起脏器受压症状，食管受压可发生吞咽困难，呼吸道受压可出现咳嗽，气喘，青紫等症状，新生儿期可出现呼吸窘迫，如影响呼吸道分泌物排出，可反复出现呼吸道感染，囊状畸形如有胃黏膜可引起溃疡，向食管或气管破溃，出现咯血或呕血。
