(一)腹痛
输卵管囊肿一般为患侧下腹钝痛，为输卵管膨大所致。有时呈阵发性绞痛，为卵管痉挛性收缩引起。下阴道排出大量液体后，疼痛随之缓解，少数出现剧裂腹痛，则系并发症引起。
(二)阴道流血
输卵管囊肿多发生于月经中间期或绝经后，为不规则少量出血，刮宫常呈阴性。
(三)阴道排液
约50%输卵管囊肿患者有阴道排液，为黄色水样液体，一般无臭味，量多少不一，常呈间歇性。这是本病最具特异性的症状。
