起病缓慢，但骤起者亦不少见，开始时可先有急性胃肠炎症状如腹痛，呕吐，腹泻等，约2～3天后症状减轻，继而体温升高，伤寒样症状出现，亦有胃肠炎症状显著，并且持续较久者，以副伤寒乙多见，曾被称为“胃肠炎型副伤寒”，发热常于3～4天内达高峰，波动较大，稽留热型少见，热程较短(副伤寒甲平均3周，副伤寒乙2周)，毒血症状较轻，但肠道症状则较显著，可出现相对缓脉与肝，脾肿大，与伤寒相同，皮疹常较早出现，可遍布全身且较伤寒皮疹稍大而色较深(副伤寒甲)，但有时呈丘疹状(副伤寒乙)，复发与再燃在副伤寒甲，乙均较常见，尤以副伤寒甲为多，肠出血，肠穿孔均较少见，病死率较低。
