衣原体肺炎的病因为肺炎衣原体感染,是新发现的一种衣原体主要引起呼吸道和肺部感染。1986年Grayeton等在学生急性呼吸道感染中,发现一种衣原体,以后于成人呼吸道疾病中亦被发现,当时命名为鹦鹉热衣原体TWAR-TW株,后经研究证明该衣原体为一新种并定名为肺炎衣原体。