胎儿缺氧可引起群体反射，排出胎粪，并出现真性呼吸，将胎粪羊水角化细胞一齐吸入，稠厚胎粪多量吸入可致完全性气管阻塞，肺不张，急性窒息缺氧，稀薄的胎粪羊水或吸入量不多，则可导致部分阻塞，引起亚节段性肺不张，阻塞性肺气肿，若肺泡破裂可致间质气肿或气胸，当气体沿血管壁和淋巴管扩散到纵隔可引起纵隔气肿。
出生时胎粪污染全身，若胎儿浸在胎粪羊水中4～6小时，指趾甲可染呈黄绿色，10～12小时者脐带，胎脂，胎盘羊膜均可染呈胎粪色，新生儿呼吸受到严重抑制，出现心动过缓，肌张力低及休克，有自主呼吸后可见呼吸急促，渐至呼吸困难，肋间凹陷及呼气呻吟，皮色发绀，如青紫严重，吸氧无好转者，应考虑合并新生儿持续肺动脉高压，肺部体征与吸入胎粪多少和厚薄有关，若有气胸，两侧呼吸动作，呼吸音可以不对称。
胎粪羊水刺激呼吸道粘膜或继发感染可导致肺炎，进入康复期后，吸入物被吸收或吞噬，严重病例形成纤维化，出现肺气肿等病变。
严重窒息缺氧时引起心血管适应障碍，右向左分流，巨心伴末梢循环充血不良，偶可出现抽搐，血气发析显示PO2降低，Pco2升高及pH降低，重症病例在生后数分钟至数小时死亡，幸存者病程迁延，一般病例2天内明显好转，10天或更长时间后完全康复，轻型病例可生后数小时后才出现呼吸困难，经X线检查稍有肺纹理增粗，轻度肺气肿，膈肌轻度下降，对胎粪吸入较多者两肺可有密集斑片状或结节状浸润，肺过分膨胀，偶有胸腔少量积液，间质性肺气肿，纵膈积气或气胸。
