本病系真菌直接侵入角膜感染所致，在感染角膜的溃疡面上刮取坏死组织进行涂片检查，常可找到真菌菌丝，将坏死组织接种于真菌培养基上，可有真菌生长，对人类角膜有致病的真菌达数十种，有资料分析有21属及25种，主要为曲霉菌，其次为镰刀菌。
1964～1976年某医院从318例真菌性角膜溃疡的临床病例中，培养得到的204株真菌，经中国科学院微生物研究所鉴定。
1957～1965年国内文献报导13例，菌种有白色念珠菌，曲霉菌，镰刀菌，酵母菌以及头孢霉菌等。
国外文献以曲霉菌，镰刀菌，白色念珠菌，头孢霉菌等为主。
多半病例起病时有诱因史，发病大多与农业劳动时受植物性小叶伤有密切关系，我院的病例，诱因中以脱粒时被稻谷弹伤最多，其次为植物枝叶擦伤及尘土等异物入眼，亦可见于长期患者其它性质的角膜炎时继发感染真菌者，国外有人认为与眼部滥用抗生素或皮质类固醇有关。
角膜外伤造成上皮破损，致伤物如稻谷，植物枝叶或尘土等处常有真菌存在，当角膜上皮破损的同时，真菌即可接种于角膜，引起发病，潜伏期通常为1～4天，平均为2.4天。
