(一)发病原因
毛首鞭形线虫(简称鞭虫)隶属线形动物门，线虫纲，鞭虫属，人是惟一的自然宿主，虫体前3/5细长，呈肉色，后端肥胖，呈马鞭状，雄虫长30～45mm，尾部卷曲成360°以上，生殖器官包括袋状的睾丸，输精管，射精管，泄殖腔与矛尖状的交合刺，雌虫长35～50 mm，后端钝圆，生殖器官有卵巢，输卵管，子宫与阴门开口在肥胖部前端。
虫卵呈腰鼓形，两端有内层突出的黏液塞，不着色，卵壳有三层，最外层为卵黄膜，呈棕色，虫卵大小为(50～54)μm×(22～23)μm，随粪便排出，在温暖，阴暗潮湿的土壤中发育为感染期，在卵壳内含一条活动的未蜕皮第一期幼虫，人吞入感染性虫卵后经消化液作用，在小肠内孵出幼虫并钻入小肠和结肠隐窝内发育，最后定居在盲肠和部分大肠上皮细胞内，不再移至其他部位，逐渐发育为成虫，约需2个月，成虫在体内寿命3～5年，它对干燥和热的抵抗力比蛔虫卵小;在硬土，灰尘，煤渣，垃圾中不发育为感染期;在太阳光，寒冷，腐殖质和化学药物的作用下不能存活，在干粪内仅活数日或数周，主要传播方式是粪便内虫卵污染土壤，再通过手，蔬菜等直接或间接地将感染期虫卵传入口中使人感染，人与人不直接传染。
(二)发病机制
一般认为包括机械性与过敏性损伤，前者可能是人鞭虫致病的主要原因，成虫钻入盲肠和结肠上皮内发育，引起肠黏膜损伤，而虫体在肠黏膜内刺激黏膜神经丛则引起腹泻和痉挛。
弥漫性结肠炎认为是由鞭虫感染引起的过敏反应有关，在结肠渗出物中有特征性的嗜酸性粒细胞和夏科-雷登晶体，Bawie等(1978年)根据鞭虫病患者的生长发育迟缓与杵状指的发生，推测虫体可能产生一种不明的因子有关。
根据电镜观察鼠盲肠内鼠鞭虫的生长发育，通过虫体头部的溶解组织的作用，进入肠上皮细胞内，形成一个肠细胞的合胞体，并吞食宿主的细胞成分，当虫体发育成熟时其体后部伸出或其隧道破裂而悬吊于肠腔内，有利于交配与产卵，用显微镜检查发现肠组织炎症反应轻微，但可见肠壁细胞破坏，肠绒毛因丝状纤维丧失而变短，隧道周围未见明显出血，隐窝之间可见浆细胞，淋巴细胞及嗜酸性粒细胞浸润。
轻度感染患者，鞭虫常寄生在盲肠和上行结肠;重度感染时，可累及横结肠与降结肠，甚至直肠也有鞭虫寄生，结肠镜检可见黏膜表面有水肿，血管增多;重度感染时则有黏膜出血或溃疡，直肠受累则黏膜明显水肿和出血，病理改变仅见于上皮层和固有层，肠壁隐窝和肠腺有增生，杯状细胞正常或增生，肠表面有大量黏液，表面上皮剥脱少见，在固有层可见单核细胞增多，嗜酸性粒细胞浸润，重度感染时可引起嗜酸性粒细胞弥漫性浸润，甚至深入到黏膜下层。
