按肠套叠发生部位，有无明显的器质性病变，将其分为原发性肠套叠和继发性肠套叠，继发性肠套叠多见于肿瘤、创伤及手术后和肠道的炎症性病变等。
发生套叠的肠段及其附近找不出明显的器质性因素，占小儿肠套叠数的75%～90%，成人仅10%～15%为原发性，婴幼儿肠套叠发病年龄多在1岁以下，5～9个月乳儿的发病率最高，2岁以上逐渐减少，多发于气候变化较大的季节，特别多见于春秋季节，此季节上呼吸道和淋巴结的病毒感染较多，可能致肠蠕动失去正常的节律性，或形成痉挛，此外婴幼儿的食物性质突然改变、食物过敏、腹泻等都可能成为肠套叠的促发因素，新生儿回盲部系膜常不固定，一般要在生后数年内才逐渐固定附着于后腹壁；因系膜过长，松弛，致使回盲部游动过大，是该部位肠套叠发病的主要解剖因素。
是成人肠套叠最常见的原因，肠道的息肉、平滑肌瘤、脂肪瘤、纤维瘤及癌肿等均可引起继发性肠套叠，这是因为回盲部或其他肠段如有肿瘤存在常会导致肠蠕动失常，而成为引起套叠的诱套点，Felix分析1214例肠套叠，小肠套叠668例，其中383例(57%)为肿瘤，116例(30%)为恶性；结肠套叠546例中379例(69.4%)为肿瘤，其中261例(69%)为恶性，Nagomey统计2/3结肠套叠和1/3小肠套叠为癌肿，后者70%为转移癌，小肠套叠以绒毛状腺瘤、脂肪瘤、平滑肌瘤和各种息肉包括Pentzjeghers综合征等良性病变为多见，十二指肠良性肿瘤引起套叠较为罕见，Orenstein曾报道1例绒毛状腺瘤致十二指肠空肠套叠并发胰腺炎，Jennings亦报道过1例脂肪瘤引起十二指肠套叠。
腹部创伤及手术后发生肠套叠的报道日渐增多，Duncan因腹部创伤行剖腹术586例中，21例发生术后肠梗阻，其中6例(28.6%)为肠套叠，值得注意的是此6例原无小肠损伤，但多伴有休克和肝损伤，咸阳市第二医院曾收治1例锐器所致的多发性小肠损伤，剖腹后见损伤邻近肠管形成多部位套叠，实属罕见，腹部手术后的肠套叠常见于部分胃切除，毕Ⅱ式或Roux-Y胃空肠吻合术后，治疗肥胖症的空回肠短路分流和各种肠造瘘术后。Cooperman报道阑尾切除术后残端套叠多在术后2周发生，也有至术后6年出现症状者，对创伤或腹部手术后发生肠套叠的原因尚不清楚，推测可能与肠壁血肿，水肿，粘连，肠道功能紊乱，电解质失衡，肠腔内置管及慢性肠扩张，肠吻合口对位不良有关，腹部创伤和手术后多为小肠型套叠。
肠道炎症引起肠蠕动紊乱，主要有局限性回肠炎、非特异性回盲部溃疡、急性回盲瓣炎、急慢性阑尾炎等，此外肠结核、菌痢性或伤寒性溃疡者可引起肠套叠，先天性畸形如Meckel憩室、盲肠缺如、回结肠成直线连接及肠蛔虫病、小肠气囊肿、特发性过敏性紫癜肠壁血肿等都是继发性肠套叠的少见病因。
