谵妄是许多品质性因素导致的广泛性脑功能障碍，器质性病因可分为四组：
①原发于脑部的疾病，如感染，肿瘤，外伤，癫痫及卒中；
②作用于脑部的系统疾病，尤其是代谢与内分泌疾病，全身性感染，心血管病及胶原性疾病；
③外源性物质中毒，即药物，工业，植物或动物来源的中毒；
④滥用成瘾物品而产生的戒断现象，多发生于酒精及镇静催眠药物依赖。
老年病人尤易发生谵妄看来与下列因素有关：高龄与伴发的脑器质病变，视觉与听觉障碍，神经递质合成减少（尤以乙酰胆碱为最著），与年龄有关的药物动力学和药效学的改变，慢性躯体疾病的高患病率和对急性疾患的易罹性，下视丘-垂体-肾上腺轴所形成的内稳态调节机制的减弱，睡眠或感觉剥夺，肢体活动不灵活以及心理社会应激（如亲人丧亡或迁移新的环境等），由于老年人对药物的耐受性降低，药物中毒为老年谵妄的常见原因，甚至可发生于常用药物的治疗剂量时，如利尿药，地高辛，抗巴金森病药，抗精神病药，抗抑郁药和镇静催眠药，凡具有抗胆碱能活动的药物，都容易导致老年谵妄，老年期谵妄的常见病因包括：充血性心力衰竭，肺炎，泌尿道感染，癌肿，低血钾，脱水，钠耗竭，脑梗塞等，某些并不直接影响脑部的躯体疾病，如髋关节骨折，局部麻醉下进行小手术，轻度呼吸道感染及严重便秘亦可导致谵妄。
目前对谵妄的发病机制还了解得不多，谵妄病人的认知障碍和同时出现的脑电波慢活动是由于普遍的脑氧化代谢降低所致，任何疾病或有毒物质，只要能降低与脑代谢活动有关物质的供给，摄取和利用者，均可引起谵妄，脑氧化代谢率的降低，可导致乙酰胆碱合成的减少，胆碱缺乏构成了代谢-中毒性脑病特征性表现之一，即谵妄。
