真正病因尚不十分明确,目前认为儿童尿道黏膜脱垂见于体弱的女孩,与骨盆快速增大,盆腔器官发生变化有关,加之尿生殖膈薄弱,尿道黏膜与黏膜下黏合的先天性缺损,易发生黏膜脱垂,老年妇女脱垂可能是由于分娩损伤,绝经后雌激素水平降低,尿道周围组织萎缩,或全身衰弱等所致的尿道壁薄弱,尿道周围组织松弛以致尿道黏膜翻出。
另外各种原因如剧烈咳嗽,便秘,腹泻,分娩,尿路感染,负重等使膀胱压力过高,造成膀胱尿道压力不平衡,加之尿道周围支持组织力量不足,也可导致本病的发生,其他如膀胱结石,尿道结石或肿瘤的直接压迫也可诱发。
女性尿道垂直向下,短而宽,若肌层弹力纤维较薄弱,周围组织松弛,黏膜发育超过肌层,尿道黏膜尤其后壁便向下翻出尿道外,形成部分性尿道黏膜脱垂,如尿道壁也松弛,则整个尿道黏膜脱出形成完全性尿道黏膜脱垂,脱垂黏膜因受尿道口环形压迫,衣物摩擦刺激等充血水肿,甚至血管栓塞及坏死,亦可继发感染,糜烂等。