原发性肠内胆酸结石可能是由于胃酸分泌过多，使近端空肠pH降低，或因细菌在肠袢中过度繁殖，致使空肠pH下降，同时将胆盐分解形成胆酸，胆酸在pH较低的空肠中不溶于水形成胆酸结晶，胆酸结晶可作为结石的核心。
与某些不能溶解或消化的无机盐，食物或异物等在胃肠道形成特殊的凝固物或硬块，成为肠结石，结石增大堵塞小肠，即导致肠石性肠梗阻。
发病机制
根据肠结石的混入成分，引起梗阻的肠石可分为3种：
①真性肠石：一般是由肠道黏膜上皮，小型粪石，果核及其他异物等组成一个核心，经无机盐的沉积而形成结石，
②药物性肠石：是因为长期口服含钙，磷，镁等的药物后在肠道内形成的不溶解性硬块，
③混合性肠石(植物毛粪石)：由食入的某些水果，蔬菜或吞食毛发后形成的，尤其食入未成熟的水果更易形成。
引起肠梗阻的结石中，以植物毛粪石较为多见，其中又以柿子形成的植物粪石最为常见，未成熟的柿浆和成熟的柿皮中含有鞣酸，鞣酸与胃酸接触后形成胶状的聚合物而沉淀，并不断吸附植物纤维成为团块，再经含钙，磷，镁等的无机盐沉积即形成肠石，食入柿子的量越多越易形成，毛粪石多见于精神失常者吞食了自己或他人，动物的毛发，树叶纤维，羊毛外衣等，较多的毛发可随胃肠蠕动而拌缠成发球，从而形成一个坚固孤立的团块，亦有报道胃肠吻合线部分脱落并以此为核心形成结石致肠梗阻的，有胃手术史者，如胃次全切除BillrothⅡ式吻合，迷走神经切断，幽门成形术等更易形成结石，Michael报道的113例胃肠石中，106例曾作过胃部手术，其原因是胃手术后，胃蠕动缓慢，排空延缓，使得胃内容物与胃酸接触的时间较长，容易形成胃石，尤其是食柿子后，胃手术后，尤其BillrothⅡ式吻合术，由于吻合口较大，在胃内形成的胃石更易进入小肠而引起梗阻，在肠道憩室处及肠狭窄的近端也容易形成肠石。
