能引起肺毛霉病的真菌属于接合菌亚门，毛霉纲，毛霉目，毛霉科，偶由毛霉目中的其他科，如被孢霉科，小克银汉霉科，科克霉科，瓶霉科等引起，其中毛霉科中的根霉属，毛霉属，犁头霉属是引起肺毛霉病的最常见的3类真菌;而3类中又以根霉属所致的最为常见，特别是少根根霉和米根霉。
正常人体中，人的血浆有抑制根霉菌属的生长，中性粒细胞有杀伤霉菌菌丝的作用，当机体防御机制被破坏或削弱，病原菌可入侵体内，呼吸道是主要感染途径，也可以通过皮肤和肠道感染，糖尿病酸中毒，血液病，淋巴瘤，骨髓增生不良，长期应用肾上腺皮质激素，化疗和放疗是毛霉菌感染的诱因，其中白细胞严重减少和糖尿病是很重要的诱因。
病原菌从鼻黏膜及黏膜下组织处生长繁殖，很快破坏组织引起鼻窦炎，眼球周围组织炎，也可直接侵入脑和脑膜，或肺，侵入肺脏的孢子可穿过支气管壁进入肺组织和血管，在组织内迅速生长，小动脉血管栓塞和肺实质的急性化脓性炎症，大量白细胞浸润，组织坏死，菌丝侵入血管，引起栓塞，不但加速感染的播散，也引起组织梗死，病理改变主要表现为血管栓塞和组织坏死。
