病因可能是胚胎结缔组织的异常发育，是由肝脏胚胎原基细胞发生的恶性肿瘤，新生儿可能在子宫内发生，有文献报道发生于妊娠7个月胎儿，成年人可能是胚胎性肝细胞在肝内多年后，才发生恶性肿瘤。
肝母细胞瘤多发生在肝右叶，约半数病例侵犯两叶或为多中心型一般为单发圆形界限清楚瘤体直径在5～25cm不等。肿瘤的大体表现与所含的骨样软骨或纤维组织等间叶组织成分有关。通常来说肿瘤呈粗糙结节状或分叶状隆起于肝表面，界限清楚，半数有包膜，质地较硬肿瘤颜色为棕褐色至灰白色剖面质地均匀一致可发生出血、坏死和钙化多不伴有肝硬化镜下显示肿瘤由成熟期不同生长阶段的上皮成分和间质变异成分所构成根据肿瘤细胞的分化程度可分为胎儿型(高分化型)胚胎型(低分化型) 与混合型。
1.胎儿型：胎儿型肝细胞比正常肝细胞小呈多边形胞界清楚胞浆呈嗜酸性颗粒状，可有空泡细胞核浆比例为1∶4～1∶2核呈圆形或卵圆形染色质粗细不一，含单个核仁核分裂象少见。细胞排列成两个细胞厚的不规则肝细胞束肝束之间为肝窦。肝母细胞瘤细胞核DNA含量分析显示，胎儿型多为二倍体。
2.胚胎型：胚胎型肝上皮细胞分化较差细胞小梭形胞界模糊胞浆少核浆比例为1∶1～2，核染色质丰富，核仁大而明显核分裂象易见。此型细胞黏附能力差，往往簇集成玫瑰花瓣状或联结成疏松的索带状肝母细胞瘤细胞核DNA含量分析显示胚胎型多为异倍体异倍体肿瘤易发生血管侵犯，预后较差常见的肝外转移为肺、腹部淋巴结和脑等。
3.混合型：混合型肝母细胞瘤还含有其他间质成分如骨样组织软骨、细条纹的肌肉、鳞状细胞灶、角化珠等。
