卵巢功能缺如综合征的病因比较简单，归属于医源性妇科疾病，系因手术，放疗，疾病破坏或切除了卵巢，使卵巢功能丧失，雌激素水平下降所致。
使体内雌激素缺乏其自主神经功能紊乱发生机制至今尚不清楚，绝大多数学者认为本征与雌激素缺乏有关，亦有学者认为与高水平的促性腺激素有关，通过动物实验证明：去势的动物因停止分泌雌激素而使其对下丘脑和垂体的反馈作用消失，垂体的细胞数量和容量增加，DNA和RNA含量增多，促性腺激素特别是促卵泡激素分泌亢进，LH-RH兴奋试验时垂体反应性明显增强。
卵巢是女性重要的内分泌器官，在下丘脑-垂体-卵巢轴中，它起着维持性周期，排卵以及妊娠等生殖功能，同时还保持着与其他各内分泌腺的相互调节作用，生育期妇女由于某些原因，例如手术摘除卵巢，过量的接触放射线，严重的生殖道感染，营养不良，全身消耗性疾病，或施行过对卵巢血液供应有损害的手术等，突然丧失了卵巢功能时，势必造成内分泌功能平衡失调，此时下丘脑和垂体为了改善不均衡状态而发生功能亢进，作为靶器官，卵巢已无功能，而肾上腺，甲状腺等内分泌腺却反应灵敏，分泌亢进，从而造成了内分泌间的平衡失调，最后导致下丘脑和垂体的平衡丧失。
在卵巢功能丧失时，具有反馈作用的雌激素缺乏是对性功能环节起干扰作用的主要原因，这一点可以通过对本征患者尽早使用雌激素治疗而取得满意效果这一事实得以证明，当然卵巢摘除后的内分泌调节障碍也不单纯是由于雌激素缺乏引起的，Campbell认为，雌激素水平低，不一定会产生症状，老年妇女的雌激素水平很低，而不出现症状，可证明这一点，从治疗方面，雌激素固然可以解除症状，但是非雌激素类药物，如孕激素，可乐定等，亦可成功地解除症状，更能说明这一点，因此，Campbell认为，雌激素水平的高低，似乎不是决定因素。
也有人认为，雌激素作用于下丘脑-腺垂体轴及脑的边缘系统，这些边缘系统是控制血管稳定的部位，也是情感调节的部位，因雌激素缺乏，对这些部位的作用不足，与症状的发生有一定的关系，Lanritzen在研究症状与雌激素水平的关系时，给切除双侧卵巢的患者注射苯甲酸雌二醇，一般其作用能维持3～5天，此后，雌激素水平下降，在定期测定雌酮和雌二醇水平时发现，当雌酮下降到148pmol/L(40pg/ml)，雌二醇下降到73.4pmol/L(20pg/ml)左右时，病人就出现潮热，乏力，激动等症状;另一组双侧卵巢切除的患者，口服戊酸雌二醇，结果与前组相同，由此看来，雌激素在上述水平波动，是脑边缘系统不稳定的原因，因此，也就不难理解老年期雌激素水平恒定低值，然而却无症状的缘故，有的学者观察了更年期综合征与卵巢功能缺如综合征患者症状出现的情况，发现前者雌激素水平是逐渐下降的，故症状出现缓慢，而后者雌激素水平是突然下降的，故症状出现快而明显，因此认为，症状出现与雌激素分泌减少的速度和程度相一致。
综上所述，卵巢摘除后，很快出现雌激素缺乏状态，同时引起间脑的变化，以及垂体促性腺激素分泌亢进，从而刺激间脑血管运动中枢以及自主神经中枢，引起变异。
