(一)发病原因
胎儿发育的环境因素（32%）：
1.感染，妊娠前三个月患病毒或细菌感染，尤其是风疹病毒，其次是柯萨奇病毒，其出生的婴儿先天性心脏病的发病率较高。
2.其它：如羊膜的病变，胎儿受压，妊娠早期先兆流产，母体营养不良、糖尿病、苯酮尿、高血钙，放射线和细胞毒性药物在妊娠早期的应用，母亲年龄过大等均有使胎儿发生先天性心脏病的可能。
遗传因素（25%）：
多数的先天性心脏病是由多个基因与环境因素相互作用所形成。特别是染色体易位和畸变。
其它因素（24%）：
有些先天性心脏病在高原地区较多，有些先天性心脏病有显著的男女性别间发病差异，说明出生地海拔高度和性别也与本病的发生有关。
(二)发病机制
1.病理解剖
按照缺损部位，房间隔缺损可分为：
(1)继发型房间隔缺损(secundum ASD)最常见，约占所有房间隔缺损的62%～78.8%，菱型缺损位于分隔左心房与右心房的真正房间隔部位，即在房间隔的中央，缺损的边缘可为第二房间隔上，下肢形成的卵圆窝缘，也称为卵圆窝型房间隔缺损(图1)，缺损大小不等，形状不一，单个或多个，大型缺损中间可有残留的条索状房间隔组织，也有呈筛孔状。
(2)静脉窦型房间隔缺损(sinus venous ASD)上腔静脉型ASD，约占所有ASD的5.3%～10%，缺损位于卵圆窝的后上方，右心房与上腔静脉交界处，常伴有右肺静脉异位连接(图1)，下腔静脉型ASD，比较少见，约占2%，缺损位于卵圆窝的后下方，右心房与下腔静脉交界处，可伴肺静脉异位连接。
ASD可合并其他先天性心脏病，如室间隔缺损，动脉导管未闭，肺动脉狭窄等，由于ASD为很多复杂型先天性心脏病的血流分流途径，常见于完全性大动脉转位，三尖瓣闭锁，完全性肺静脉异位连接等，上腔静脉型ASD常伴部分肺静脉异位连接，可达80%～90%，多为右侧肺静脉，继发型ASD伴二尖瓣脱垂约占17%。
2.病理生理
正常的左心房压(5～10mmHg)较右心房(2～4mmHg)稍高，房间隔缺损的左向右分流主要取决于左，右心室充盈阻力的不同，右心室的顺应性较左心室好，右心室充盈阻力低，因此，舒张期及收缩早期在房间隔缺损部位均有左向右分流，婴儿的右心室较厚，顺应性较差，婴儿ASD的左向右分流量不多，随年龄增长分流量逐渐增加，继而引起右心房，右心室增大，肺动脉增宽，肺动脉高压多数发生在年长儿，合并严重肺动脉高压可导致ASD的右向左分流而出现发绀，偶尔，下腔静脉瓣长导引下腔静脉血液经ASD流向左心房出现发绀。
