病因尚未明确，细菌或病毒感染的患者在感染期间或感染以后常发生全血细胞减少，细菌或病毒感染的患者也常应用抗生素和其他药物治疗，因此，难以明确再障是感染，药物引起的还是二者共同作用的结果，甚至有时感染性疾病是全血细胞减少引起的，而不是病因。
Rubin等推断有以下几种学说：
1.自身免疫机制学说 肝炎患者可产生各种抗体，其中许多抗体与组织间有交叉反应性，抗体的产生使宿主的自身识别系统功能障碍，导致骨髓衰竭。
2.肝脏损伤学说 肝脏损害不能提供正常所需的造血营养物质，对中间代谢产物丧失解毒能力，产生的毒性物质所致的骨髓损伤。
3.基因学说 病毒直接影响造血基因，实验研究证明传染性肝炎病毒可使白细胞发生染色体畸变。
4.肝炎病毒对骨髓的侵袭 破坏干细胞的复制，导致原始细胞中干细胞的损伤，使造血细胞染色体发生异常。
