主要是全身各脏器广泛受累，而肺部病理改变轻微，多为先天性感染，胸膜，喉，气管均正常，胸部淋巴结不肿大，仅有少许紫红色梗死斑样灶，压切面有血色液体，镜下支气管变化轻微，无溃疡及坏死，支气管壁血管充血，肺泡充血和水肿，肺泡间中隔轻度增厚，肺泡炎的病灶内充满吞噬细胞，肺泡和支气管腔中有巨细胞，在细支气管壁和黏液腺中及肺泡周围发现巨细胞。
肺组织损害为主要的，或惟一的病理改变，肺组织充血，切面凹凸不平，外观呈灰黄色，压之有血样浆液渗出，镜下支气管腔内充满炎性多核细胞和单核细胞碎片，支气管壁增厚和充血，肺间质有细胞浸润，细支气管周围黏液腺有单核细胞浸润，肺泡间中隔明显增厚，组织细胞增生，肺泡隔间的边缘发现巨细胞包涵体，典型CMV感染的细胞肿胀很大，核内有巨大的嗜酸性包涵体(或偶为嗜碱性包涵体)，有一不染色的晕轮与细胞核膜分开，可见庞大膨胀的细胞核，胞浆内也能看到包涵性。
肺组织呈粟粒样坏死灶，呈小点状结节，坚实而有弹性，界限明显，亦可散在或融合，镜下病变开始时为分散出血坏死性病灶，肺泡充满纤维素，红细胞，成熟粒细胞，组织细胞和细胞碎片，这些病灶肿胀肺泡均含有包涵体，肺泡内常有透明膜改变，若CMV感染为全身性疾病，除肺部病变外，还有肝，脑，肾，消化道，唾液腺，心，肾上腺，性腺，皮肤等均可受累，主要改变为间质性炎症和灶性坏死，受染细胞大，含有包涵体，婴儿和成人在疾病上表现不同， 不仅是由于他们敏感性不同，而且，与成人以前接触过病原有关，在婴儿包涵体主要发生在上皮细胞中，而成人则发现在间叶成分中，接受肾移植的患者，从肺中分离出CMV，表明肺部有感染，有人认为高水平的血清抗体和免疫复合物的存在，揭示变态反应可能参与了发病过程，细胞免疫的抑制亦可能与此有关。
