由于先天遗传或发育异常的囊肿有各种面裂囊肿，如鼻翼下面裂囊肿、鼻背中线度样囊肿及瘘管、唇腭裂囊肿、鼻腭囊肿、切牙骨囊肿及鼻前庭囊肿、含牙囊肿等。其中多由面突在发育过程中于接合或融合之处胚胎残余上度发展而成。而鼻前庭囊肿也可由鼻腔底的黏液腺腺管阻塞、分泌物潴留所致。至于含齿囊肿则可能是在牙齿发育过程中，由正常的牙滤泡发展而来。
腺体内分泌物潴留所致的囊肿(如鼻前庭囊肿)可因腺管阻塞引起；鼻窦粘膜囊肿分泌型者也由此而来，因而有时又称粘液潴留囊肿或粘膜下囊肿。
由感染刺激引起的囊肿(如发生于上颌骨的牙周囊肿)，是由牙根感染或损伤后，根尖肉芽组织发生囊肿样变所致;而发生于上颌窦的粘液囊肿如为非分泌型者，则是由于鼻窦慢性炎症使粘膜下毛细血管壁受损而渗出的浆液积聚于鼻窦粘膜内的疏松结缔组织中形成的假性囊肿，又称浆液囊肿。此外，鼻窦粘液囊肿也可因外伤。手术、肿瘤炎症等因素阻塞窦口，造成窦内分泌物潴留所致。
