过敏体质者因使用药物引起变态反应而发病。各种药物均可引起药物过敏性口炎。常见的有抗生素类，如青霉素、链霉素、四环素等及磺胺类。解热镇痛药，如阿司匹林等。催眠与抗癫痫药，如鲁米那、苯妥英钠和卡马西平等。中成药也有引起药物过敏性口炎的，但远较西药低。引起药物过敏性口炎的药物仅少数药物是全抗原，如人体丙种球蛋白、破伤风抗毒素和某些疫苗等。大多数药物和其代谢分解产物为半抗原，需与机体内大分子的载体蛋白结合后才能成为全抗原。药物抗原通过和抗体结合或致敏淋巴细胞而产生变态反应。
