巧克力囊肿是因为盆腔里有异位的子宫内膜生长，这种内膜每月也有一次月经样出血，这些出血积聚在盆腔等处而成为囊肿。囊肿常是双侧性的，囊肿的内容物是月经血，其中水分被吸收、血液被浓缩成为深咖啡色、质地粘稠的糊，看上去很象巧克力所以叫“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿主要发生在30-40岁之间的中青年妇女。主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚，环境因素、生活习惯、精神状态等都可能与卵巢囊肿的发病有关系，但与已婚未婚没有什么关系。所以，卵巢囊肿可以发生在任何年龄段，一般高发于20-50岁女性，未婚女性患如发现有月经失调、经量减少甚至腹痛等症状时，应提高警惕，及时检查，特别是身材偏胖的青少年女性更需注意。
(1)痛经：为巧克力囊肿的主要症状，同时也是最容易被忽略的症状表现，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。
(2)月经不调：月经过多，月经血量多，也是巧克力囊肿临床常见症状之一，一般月经周期规律表现为经血过多或带经日久。
(3)性生活痛：这也是一个明显的患病信号，患者还可能会出现滴状的出血，而且常于月经前较为明显。
(4)患不孕症：巧克力囊肿会导致妇女不能怀孕，其不孕率达50%左右，在不孕症女性中，巧克力囊肿所造成的不孕占有很高的比例。
病发机制
1、内分泌因素：卵巢虽然小，但却是生成卵子并排卵、平衡内分泌的重要器官之一，多出现在内分泌旺盛的生育年龄。因此认为和内分泌失调有关。此外月经时生气可能就没了，垃圾排不出来，在卵巢里便形成了囊肿。
2、性生活频繁：通常发病大多是在青春期少女以及更期女性，这和她们过于频繁的性生活有关。
3、输卵管阻塞：卵巢内无受精的卵泡，废品垃圾要排出去，就需要靠体内液压把垃圾排出来，因为机能衰退，输卵管有堵塞现象，排不出去的卵子积在卵巢里，就形成了囊肿。
4、压力过大：是导致卵巢巧克力囊肿的主要因素，长时间精神压力太大、可以导致植物神经功能紊乱、影响内分泌调节，则导致卵巢功能过早衰退，雌激素的分泌减少，提前进入更年期。
