西医学认为，细菌感染性口腔炎常以链球菌和葡萄球菌为主要致病菌。这些细菌在急性感染、长期腹泻等机体抵抗力低下状况下，若口腔不洁，则致细菌量繁殖，从而引起的急性口腔黏膜损伤。初起时口腔黏膜充血水肿，随后发生大小不等的糜烂或溃疡，上有较厚的纤维素性炎症渗出物形成的灰白色假膜。疱疹性口腔炎的致病原是工型单纯疱疹病毒。局部皮肤出现红疹，并迅速出现渗出而形成水泡。
中医学认为，本病病因多为外感邪毒，或食伤，素体蕴热及阴虚等。风热外感，引动心脾两经内热，蒸于口舌黏膜而发为口疮。食伤于脾胃，则致心脾积热，火热上灼口舌；或复感受外邪，熏灼口腔，皆可致疱疹、溃疡发生。如若素体阴虚，阴液亏耗，水不制火，虚火上炎，热熏口腔亦可发为口疮。本病属急性者易治，若溃疡反复发作，正气亏虚者病程迁延而难治。
