上皮包涵囊肿是由于分娩时阴道黏膜受损，或阴道手术缝合时阴道黏膜被卷入阴道深层，伤口愈合后此黏膜继续增生脱屑，然后液化形成囊肿。病理学检查多为复层扁皮细胞。一般无症状，常于检查时发现。胚胎遗留性囊肿又称中肾管囊肿，阴道旁的中肾管如有阻塞，分泌物潴留可形成囊肿，在阴道侧壁或下段的前壁可见到，呈成串或多发，如葡萄或乒乓球大小，囊肿壁薄为单房。
