本病与其他类型的头痛相鉴别，有无腰椎穿刺病史，测颅压可资鉴别。
1、偏头痛
属血管性头痛，常见于中青年和儿童。头痛位于一侧颞额眶部，呈搏动性跳痛，常伴恶心及呕吐。为发作性头痛，头痛前可先有视觉障碍如视物模糊，视野中有盲点或偏盲等先兆，也可无任何先兆即开始偏侧头痛。一般历时数小时或数天而缓解，极少数患者呈偏头痛持续状态。少数患者偏头痛可能和紧张型头痛同时存在，以致两者难以区分。
2、丛集性头痛
此种头痛可能属血管性并和下丘脑功能障碍有关。头痛位于一侧眶颞额部，重者波及全头部。头痛发作呈密集性，剧烈且无先兆。头痛发作迅速并可突然停止。发作时伴以结膜充血，流泪，流涕及多汗，少数出现上睑下垂。每天发作数次，并可在睡眠中发作，每次发作历时数十分钟至数小时，并可连续数天至数周，但缓解期可长达数月至数年之久。经对患者详细询问病史和发作观察，不难与紧张型头痛鉴别。
3、三叉神经痛
系面部三叉神经分布区的发作性短暂剧痛。每次疼痛仅数秒钟，每天发作数次至数十次。疼痛如刀割，烧灼或针刺样，常因洗脸、刷牙、说话、咀嚼而诱发。患者常可指出诱发疼痛的位置，称为“扳机点”。本病好发于中、老年人，以三叉神经第2，3支受累较多。若单纯第1 支受累尤应注意和 ETTH相鉴别。
4、颅内占位性疾病引起的头痛
此类疾病包括颅内肿瘤，颅内转移癌，脑脓肿及脑寄生虫病等症。此类头痛系由于颅内压增高所致，随病程进展常伴有喷射性呕吐和眼底水肿，但早期可被误诊为紧张型头痛。对病程较短的头痛患者，除注意眼底改变外，仔细的神经系统检查极为重要。如发现病理反射等体征出现，常提示并非紧张型头痛而应及时采用脑CT或MRI 等检查以助鉴别。
5、颅内慢性感染引起的头痛
此类疾病包括结核性脑膜炎，真菌性脑膜炎，猪囊尾蚴病(囊虫病)性脑膜炎及梅毒性脑膜炎等症。这些脑膜炎均以头痛为早期症状，一般皆伴有发热，但部分不典型患者，初期只有低热，而且脑膜刺激征阴性，颇易误诊为紧张型头痛。故在询问病史时，只要近期有过“感冒”史或查体发现有可疑的病理反射，即应及时考虑腰椎穿刺，详细检测脑脊液的压力、细胞学、生化、色氨酸及墨汁染色等常规化验。必要时应同时检测血液和脑脊液中抗结核抗体、猪囊尾蚴病(囊虫病)免疫试验及梅毒试验等以助明确诊断。
