诊断
诊断标准：
根据不同器官和发病阶段，组织病理改变可呈炎症性(如皮肤、肺)、化脓性(如肾、肺、脑)或肉芽肿性(如皮肤)。特殊脏器和组织还可有特殊表现，如食道和小肠可有溃疡形成，心瓣膜可表现为增殖性改变，而急性播散性病例常形成微脓肿，脓肿内可见芽孢和菌丝，其外有中性粒细胞和组织细胞浸润。芽孢外围偶见嗜伊红样物质，类似星状体。菌丝有时侵入血管壁，病理组织中发现菌丝体有诊断价值。
(1)支气管、肺感染咳嗽、咳痰、发热；(2)消化道感染食管炎、肠炎为多；(3)泌尿系统感染尿道插管及血行播散多见；(4)败血症；(5)心内膜炎；(6)脑膜脑炎；(7)眼部视网膜炎、脉络膜炎；(8)变态反应性皮疹。
诊断必须具有特征性的临床病变，受侵组织的组织病理学证据，或排除其他病因。血、脑脊液、心包或心包积液、或活检组织标本的阳性培养是决定采取全身性治疗必须的确诊依据。组织标本内有典型的由酵母菌，假菌丝和/或菌丝所致的组织病理学征象也具有诊断价值。但常是推测性的开始治疗。虽然目前已开展了各种检测抗体或抗原的血清学方法，但没有一种具有足够的特异性和敏感性可用于严重病人的快速诊断或排除诊断。
临床表现不能用其他疾病解释，同时存在诱发因素而查菌又阳性(指常规真菌检查)时，应考虑念珠菌病的可能，并作进一步检查。
鉴别诊断
临床上应首先与原发病鉴别;在组织病理上应与曲霉病鉴别，在真菌学上与其他酵母鉴别。念珠菌病可与皮肤、粘膜或内脏许多疾病类似，最后诊断有赖于真菌检查与临床相结合。因念珠菌属于人体正常菌群，故标本单纯培养阳性不能确诊为念珠菌病，必须配合直接检查和临床表现。真菌检查包括直接检查和培养，应反覆阳性且为同一菌种。直接检查应看到菌丝和成群芽胞，菌丝表示念珠菌处于致病状态，培养阳性只能说明菌种，不能说明是否具致病性。
1、生殖器白色念珠菌病常易与生殖器毛滴虫病相混淆。它们共有的症状为生殖器瘙痒，分泌物和白带增多，但是前者生殖器分泌物为乳酪状或豆渣状，后者生殖器分泌物为灰黄色，有腥臭味。直接镜检化验有助于二者的鉴别诊断。
2、口腔粘膜念珠菌病应与口腔粘膜台斑病、扁平苔藓、二期梅毒鉴别：
(1)口腔扁平苔藓：损害常见于颊粘膜后侧、舌腹侧、舌背、齿龈、腭部及咽喉部，皮损为树枝状或网状银白色细纹及小丘疹，对称分布，口唇部可有轻度糜烂、渗出，有明显的粘着性鳞肩。真菌直接镜检为阴性。
(2)粘膜白斑病：多见于中年男性，主要发生于颊、唇、舌粘膜、硬腭、齿龈等处。皮损为白色斑片，单发或多发，界限不清，边缘稍隆起，无自觉症状。组织病理为上皮不典型增生，真菌直接镜检为阴性。
(3)二期梅毒：约1/3的二期梅毒息者可出现粘膜斑，皮损发生于唇及颊的内侧、舌、咽、扁桃体、喉部。主要表现为粘膜红肿、糜烂，上覆灰白色渗出物，边缘有一暗红色晕，无自觉症状。粘膜斑内含有大量的拇毒螺旋体。
3、念珠菌性唇炎应与光线性唇炎鉴别。念珠菌性口角炎应与维生素B：缺乏症及细菌性口角炎相鉴别。
4、念珠菌性脓疱疮应与细菌性脓疱疮鉴别。
5、泌尿系统念珠菌病应与其他病菌感染导致的尿道炎，膀胱炎和肾盂肾炎等鉴别。
6、皮肤的念珠菌感染要与湿疹、脂溢性皮炎等鉴别。病变部位取材直接镜检见到假菌丝可以确诊。
