急性肾盂肾炎一般有典型症状和尿液异常发现，诊断不难，如仅有高热而尿路症状不明显者，应与各种发热性疾病相鉴别，腹痛，腰痛明显者要与胆囊炎，阑尾炎，盆腔炎，肾周脓肿等鉴别，一般经多次尿液检查后即能确诊，慢性肾盂肾炎的泌尿道症状不明显，尿常规无明显改变或尿液异常间歇出现，易被误诊，在女性，凡有不明发热，腰酸，乏力，轻度泌尿道症状者均应考虑本病的可能性，须反复检查尿常规及培养以寻找证据，伴高血压的慢性肾盂肾炎须与原发性高血压相鉴别，此外，尚须与下列诸病鉴别。
1.肾结核 泌尿道生殖道结核常同时伴发，是最常见的肺外结核，多系血行性感染，急性期有发热(低热)，盗汗，乏力，腰痛，尿频，尿急，尿痛，血尿等症状，约20%病例可无临床表现，又称寂静型UTI，数年后肾实质破坏，结核的肉芽肿干酪样变先累及髓质和乳头区，继而乳头坏死，肾盂肾盏变形，皮质变薄，偶可累及肾周围组织，肾结核后期肾功能受损，膀胱挛缩，肺部X线检查，前列腺，附睾及盆腔结核的检出有助于此病的诊断，尿液检查可有血尿(镜下血尿或肉眼血尿)和脓尿，尿结核菌培养阳性，检出率为90%以上，聚合酶链反应(PCR)也可用于尿结核杆菌的检测，阳性率高达95%，但应注意假阳性，而静脉肾盂造影仅能发现较晚期的病例。
2.慢性肾小球肾炎 如有水肿，大量蛋白尿则鉴别不难，肾盂肾炎的尿蛋白量一般在1～2g/d以下，若>3g则多属肾小球病变，但本病与隐匿性肾炎较难鉴别，后者尿常规中有较多红细胞，而肾盂肾炎则以白细胞为主，此外，尿培养，长期观察患者有无低热，尿频等症状亦有助于鉴别，晚期肾炎继发泌尿道感染，鉴别困难，此时可详细询问病史，结合临床特点加以分析。
3.前列腺炎 50岁以上的男性因有前列腺增生，肥大，放置导尿管，膀胱镜检等易患此病，急性前列腺炎除畏寒发热，血白细胞总数升高外，可有腰骶和会阴部疼痛以及尿频，尿痛，尿液检查有脓细胞，与急性膀胱炎易相混淆，慢性前列腺炎除尿检异常外临床症状多不明显，前列腺按摩得到的前列腺液中白细胞数>10/HP及前列腺B超有助于鉴别诊断。
