本病根据患者有腹泻，腹胀，上腹部疼痛或不适感，粪便恶臭，并可发现蓝氏贾第鞭毛虫等一般诊断不困难。
鉴别诊断应考虑阿米巴痢疾，细菌性痢疾或其他原因引起的胃肠炎，以上腹部疼痛，肝大压痛，肝功能受损者则考虑胆囊炎，胆道感染和病毒性肝炎，反复查找蓝氏贾第鞭毛虫是鉴别的重要步骤。
