诊断
本病诊断较困难，对高危人群结合临床表现和X线检查可考虑诊断，再借助病原体检查以确诊，痰找病原体阳性率极低，可用3%高渗盐水雾化后诱导咳痰，支气管肺泡灌洗(BAL)和经纤支镜肺活检阳性率可达80%～100%，BAL可以与解剖检查同期发现肺孢子虫，可用于早期诊断，开胸活检虽阳性率高，但不易为病人接受，且病情较重者，危险性大，目前已很少采用，近年主张以胸腔镜活检取代剖胸活检。
鉴别诊断
本病应与衣原体肺炎，肺结核，肺真菌感染等鉴别。
