肥胖症从病因角度分为单纯性肥胖与继发性肥胖，单纯性肥胖不是一种内分泌疾病，但有许多内分泌激素的变化，因此与某些内分泌疾病有许多相似之处，鉴别诊断有时比较困难。
1.库欣综合征
呈向心性肥胖，肥胖程度一般不超过中度，皮肤紫纹常见，女性患者可有小胡须，痤疮等男性化表现，常有脊椎骨质疏松，尿钙增高，血浆皮质醇增高，且昼夜变化节律消失，如为肾上腺皮质肿瘤，地塞米松试验可不被抑制。
2.甲状腺机能低下(简称甲低或甲减)
甲低体重增加是因黏液性水肿引起，不是真正肥胖，患者表情淡漠，皮肤干燥无汗，头发，眉毛(尤其外1/3)脱落，甲状腺激素(T3，T4)水平降低，促甲状腺激素(TSH)升高，甲状腺吸131I率降低等均有助于与肥胖症鉴别。
3.下丘脑综合征
下丘脑有两种调节摄食活动的神经核：腹外侧核为饥饿中心，腹内侧核为饱满中心，这两个中心受高级神经的调节，精神紧张，精神刺激均可刺激饥饿中心产生饥饿感,从而进食增多,引起肥胖，下丘脑本身发生病变，如炎症，外伤，出血，肿瘤等均可侵犯并破坏饱满中心，使人心失去饱满感而进食不止，发生肥胖地，可根据病史，头颅CT或MRI及必要的靶腺内分泌试验加以鉴别。
4.胰岛B细胞瘤(胰岛素瘤)
常因反复低血糖，患者为预防低血糖发作，多进食而致肥胖，可依据反复低血糖，高胰岛素血症及胰腺CT或MRI加以鉴别。
5.水钠潴留性肥胖症
无明显内分泌紊乱，下午肢肿，清晨减轻，可做立卧位水试验加以鉴别。
