本病主要应与结核性腹膜炎，巨结肠及食物不耐受性等鉴别。
对于长期腹泻、体重减轻的患者，特别是脂肪痢患者，应考虑到有吸收不良的可能性。此外，凡接受过食道部分切除术、食道胃切除术、胃全切除术、部分胃切除术、迷走神经切断术、小肠切除术等手术的患者，有胰腺功能减退、肝胆疾病、盲襻综合征和其他需要作手术的小肠病变的患者的，均可能有吸收不良综合征的存在。
