诊断
少数食管克罗恩病患者无症状，往往经内镜或X线检查才发现和进一步进行检查确诊。
在诊断思路和诊断程序上，对于有原因未明的吞咽疼痛，吞咽困难，胸骨后疼痛，恶心，呕吐，呕血症状的患者应考虑到食管炎症性病变和肿瘤的可能性，一般均应进行常规的食管X线检查和内镜检查(包括经内镜活检病理组织学检查)，如活检病理检查未提示食管癌或其他恶性肿瘤时，除应考虑其他食管炎外，尚应考虑食管克罗恩病，对于疑似病例，若能追查到食管外克罗恩病累及的其他部位，尤其是小肠，回肠末段，口腔，肛门病变时，这对食管克罗恩病的诊断是很有意义的旁证和依据，但由于病变好发于黏膜固有层或黏膜下层，所以经内镜活检难以达到深部组织，有时对黏膜深层炎性病变不能作出诊断，手术前诊断食管克罗恩病的可能较小。
鉴别诊断
食管克罗恩病是一种肉芽肿性食管炎，如作为克罗恩病的一部分，与其他消化道炎症疾病容易鉴别，如单独存在，则需要与食管结节病，食管真菌病和食管结核病进行鉴别诊断，前者较难鉴别，后者可通过细菌和真菌培养或涂片染色检查作出鉴别诊断，有些食管疾病酷似食管克罗恩病的表现，其中食管贝赫切特病(Behcet病)与克罗恩病的鉴别诊断尤为困难，食管肉瘤样变，食管静脉曲张，反流性食管炎有时也易与食管克罗恩病混淆，文献中有食管癌与克罗恩病并存及食管克罗恩病癌变的报道。
