胃隔膜的诊断困难，当新生儿有频繁呕吐不含胆汁的胃内容物时，应当考虑此病，无孔的胃隔膜钡剂检查可发现幽门完全梗阻，有孔胃隔膜的临床表现和X线发现与先天性肥厚性幽门狭窄不易鉴别，胃镜检查有助于诊断，可排除X线假阳性结果。
有孔胃隔膜应与先天性肥厚性幽门狭窄相鉴别，前者除腹部摸不到肿块外，X线表现有以下特点：①幽门部没有向腔内突出的“肩征”，而且呈弧形状，②胃小弯下部没有乳头征象，③幽门部没有不变的“鸟嘴”征象，④因隔膜以上胃腔无狭窄，因而无幽门管拉长征象，⑤因幽门没有肿块，十二指肠球部没有伞状表现或弧形压迹。
