诊断
1、不洁性交史，潜伏期及症状。
2、尿道分泌物涂片及培养排除淋球菌，念珠菌及其他细菌感染，涂片有大量白细胞，10-15个以上/400倍，5个以上/1000倍显微镜检。
3、尿道分泌物或宫颈刮片，单克隆衣原体荧光抗体检查或培养，标本取法：男性2h以上不排尿，棉拭子插入尿道2-4cm，轻轻旋转5s，放置2-3s，然后取出培养，女性用窥阴器充分露暴宫颈，第一根拭子将宫颈表面分泌物擦掉，第二根拭子插入宫颈1-2cm，旋转10s，停2-3s，取出拭子，不要碰阴道壁。
本病主要应与淋菌性尿道炎相鉴别，后者潜伏期较短，平均3天～5天，尿痛比较严重，分泌物多为脓性，量多，淋球菌检查阳性，而NGU的分泌物多为浆液性或粘液脓性，较稀薄，量少，查不出淋球菌。
鉴别诊断
非淋菌性尿道炎和淋病鉴别：
(1)病原体不同，非淋菌性尿道炎的病原体是沙眼衣原体和支原体，白色念珠菌，阴道毛滴虫等，而淋病的病原体是淋病双球菌。
(2)临床症状不同，非淋菌性尿道炎的临床症状是分泌物呈乳白色，以慢性尿道炎的形式表现出来;而淋病的开始症状是自尿道口流出大量黄色脓性分泌物，以急性尿道炎的形式表现出来。
