根据临床特点，实验室检查和X线内镜检查可确诊。
应排除其他PID，如XLA，高IgM综合征，SCID以及伴有低免疫球蛋白血症的SID，婴幼儿发病者不易与XLA鉴别，CVID血清总Ig一般不低于300mg/dl，外周血B细胞计数接近正常，临床症状也较XLA轻，有时难以与淋巴瘤相鉴别。
