中枢神经系统肉芽肿性血管炎缺乏特征性的临床表现，临床诊断比较困难，但对具有头痛，痴呆，精神状态改变，局灶性神经损害的症状与体征，脊髓病及脑神经病表现的患者，而又无法用其他的疾病来解释时，应高度怀疑中枢神经系统肉芽肿性血管炎的诊断。
脑血管造影及结合立体定向脑组织活检对确诊有决定性价值。
在高度怀疑中枢神经系统肉芽肿性血管炎时，应与下列疾病鉴别，如系统性血管炎(结节性多动脉炎，过敏性血管炎，颞动脉炎，白塞病，结缔组织病性血管炎等)，感染(病毒性感染，细菌性感染，真菌性感染，立克次体感染等)，肿瘤(霍奇金淋巴瘤，白血病，小细胞性肺癌，心房黏液瘤，非霍奇金淋巴瘤等)，其他血管病(血小板减少性紫癜，结节病，脑血管动脉粥样硬化，镰刀样细胞性贫血等)及其他(坏死性类肉瘤样肉芽肿，变态反应性肉芽肿病，淋巴瘤样肉芽肿病等)，因其影响CNS的血管时，临床表现酷似于PACNS。
