AITD合并蛋白尿时均应考虑本病。但要注意鉴别二者是否为两个互相独立的疾病，确诊蛋白尿是由AITD引起则依赖于肾活检发现肾组织有甲状腺抗原沉积。 由于AITD与蛋白尿并不一定同时发生，故诊断AITD时应注意检查有无蛋白尿，反过来各种免疫复合物性肾炎时应注意排除AITD。
AITD应注意与各种免疫复合物性肾炎相鉴别。
