1.急性细菌性前列腺炎的鉴别诊断
(1)急性肾盂肾炎：也表现为急性的畏寒、发热，伴尿频、尿急和尿痛。通常还表现为患侧腰酸、腰痛而非耻骨上、会阴部疼痛，且无排尿困难。直肠指检无前列腺压痛，前列腺液检查正常。
(2)脓肾：也表现为急性的畏寒、发热，伴尿频、尿急和尿痛。还表现为明显的患侧腰痛，而无耻骨上、会阴部疼痛，无排尿困难，直肠指检无前列腺压痛。前列腺液检查正常。
(3)前列腺脓肿：也表现为急性的畏寒、发热伴尿频、尿急和尿痛，是急性前列腺炎发展的结果。经直肠B超、CT检查可见前列腺内有液性占位，穿刺抽出脓液可以明确诊断。
2.慢性细菌性前列腺炎的鉴别诊断
(1)前列腺癌：晚期也表现为排尿不适，可有尿频、尿急、排尿困难。直肠指检发现前列腺质地较硬，可有结节，血清PSA明显升高，经直肠B超可见前列腺内有不均质光团，前列腺穿刺活检可确诊。
(2)前列腺结核：也表现为尿频、尿急、尿痛伴尿道滴液，有下腹及会阴部疼痛。通常有泌尿生殖系结核病史，直肠指检可发现前列腺有不规则的结节，前列腺液中可找到抗酸杆菌。
