重型复发性口腔溃疡应与癌性溃疡、结核性溃疡、创伤性溃疡和坏死性涎腺化生相鉴别：
一、癌性溃疡
鉴别方式：老年人多见，溃疡多不规则，可呈菜花状，边缘外翻，基底出现浸润性硬结，无明显疼痛，病程长，经久不愈或逐渐扩大，病检可见癌变细胞及组织。
二、结核性溃疡
鉴别方式：形态不规则，基底暗红色桑套样肉芽组织增生，溃疡经久不愈，病理检查见特征性结核结节或结核性肉芽肿。
三、创伤性溃疡
鉴别方式：往往有明显的局部刺激因素且溃疡发生部位及形态与刺激因素吻合，去除刺激后溃疡很快愈合，但如果任其发展，则有癌变可能。
四、坏死性涎腺化生
鉴别方式：男性多见，溃疡深及骨面，边缘可隆起，底部有肉芽组织，好发于硬腭、软硬腭交界，病理表现为小涎腺坏死，患者全身情况较好。
五、疱疹样复发性口腔溃疡应与口腔黏膜单纯疱疹相鉴别
六、单纯疱疹
鉴别方式：好发于婴幼儿，早期以成簇的小水疱为主要表现，疱破后会融合成较大的糜烂面或不规则的溃疡。复发与诱因有明确关系，复发前常伴有咽喉痛、乏力等前驱症状，发病期间多伴有明显全身不适。
