电镜观察在软组织恶性肿瘤的鉴别诊断上，进行电镜观察具有重要意义，特别是某些诊断性超微结构，对确定诊断具有决定作用。如透明细胞肉瘤在电镜可见瘤细胞内含有黑色素小体或前黑色素小体，即可确诊为软组织的黑色素瘤。
特别是在梭形细胞型、圆形、卵圆形细胞型肿瘤的鉴别诊断上更为重要，具体超微结构特征，详见后述各种肿瘤。大量和免疫组化研究结果，显示各种标记物在确定诊断上是有用的，但不是完全特异的。如一组肌肉标记物，最初被认为对骨骼肌、平滑肌类型的肿瘤是特异的，但结蛋白和肌动蛋白均可与肌成纤维细胞性和纤维组织细胞性肿瘤发生反应。
现发现HMB45也可在非黑色素细胞性肿瘤。故一个正确的诊断，不能只根据免疫组化抗体阳性表达的结果来判定，必须是把患者的情况、肿瘤部位、肿瘤细胞的形态及生长类型等，与标记物染色结果整合到一起，进行综合分析、判断，最后确定诊断。
异常的免疫反应：在正常组织和细胞不出现的免疫反应在相应的肿瘤组织中表达，均为异常免疫反应。如CK出现在多种间叶性肿瘤中，结蛋白可在血管内皮瘤和癌中表达。
上皮样肉瘤Keratin、Vimentin、CEA、NSE、S-100及α1-AT均可阳性;Ewing肉瘤Keratin、Vimentin阳性久，S-100、NSE、神经微丝(neurofilament，NF)及Leu-7均可阳性;恶性纤维组织细胞瘤除α1-AT及α-ACT阳性外，Vimentin、Desmin及NF都可阳性。这都表明上述肿瘤均具有多向分化的特点。
