1．病原检查：
⑴粪便检查：
1）生理盐水涂片法：适用于急性痢疾患者的脓血便或阿米巴肠炎的稀便，主要检查活动的滋养体，但标本必须新鲜，送检越快越好，置4℃不宜超过4～5小时，典型的阿米巴痢疾粪便为酱红色粘液样，有腥臭味，镜检可见粘液里含很多粘集成团的红细胞和较少的白细胞，有时可见棱形结晶（Charcot－Leydencrystal）和活动的滋养体，这些特点可与细菌性痢疾的粪便区别。
2）包囊浓集法：对慢性患者的成形粪样，亦可用直接涂片法查找包囊期，常作碘液染色以显示细胞核，便于鉴别诊断，但包囊检查可用浓集法提高检出率，常用的方法有硫酸锌浮集聚法和汞碘醛离心沉淀法（MIFC，详附录）。
临床上多见的不典型迁延型阿米巴病，常不易在粪便内找到病原体，据分析，无症状患者或病变局限于盲肠和升结肠者，常规湿涂片或固定染色涂片的一次检出率不超过30％，间隔一天以上的3次送检，阳性率可提高至60～80％，送5次者可达90％以上。
⑵人工培养：已有多种改良的培养基可供选用（见附录），从粪便标本分离培养虫体的诊断常规都用有菌培养，但一般在多数亚急性或慢性病例的检出率不高，故培养法似不宜用作常规检查，无共生物培养需特种培养基和技术要求，宜用于研究。
⑶组织检查：借助乙状结肠镜或纤维结肠镜直接观察粘膜溃疡并作活检或刮拭物涂片的检出率最高，约85％的痢疾患者可用此法检出，活体标本必须取材于溃疡边缘，脓腔穿刺亦应取材于壁部，并注意脓液性状特征。
病原检查要特别注意盛器洁净及病人服药和治疗措施的影响，某些抗生素，杀虫药物，泻剂，收敛剂，高，低渗灌肠液，钡餐以及自身尿液污染均可使滋养体致死而干扰病原体的检出。
2．免疫诊断
由于阿米巴病的病原查诊容易漏检与误诊，免疫学诊断虽属间接的辅诊手段，却具有很大的实用价值，自60年代阿米巴无共生物培养建立和特异单克隆抗体问世后，提供了溶组织内阿米巴纯抗原和优质工具抗体，国内外陆续发展了多种免疫诊断方法，近年以酶联免疫吸附试验（ELISA）的各种改良法应用较多，大体上，特异循环抗体的检测在肝脓肿患者的检出率可高达95％～100％，侵袭型肠病患者85％～95％，而无症状带虫者仅10％～40％，滴度视病情可不一致，但脓肿大者多为高滴度，因此血清学诊断仅对急性发病患者有较大的辅助诊断价值，血清流行病学调查中，人群抗体滴度的消长水平可提示地区发病情况，单克隆抗体和DNA探针杂交技术的应用为探测宿主血液和排泄物中的病原物质提供了特异，灵敏并能抗干扰的示踪工具，应用单克隆抗体检测粪便，脓液内虫源抗原及DNA探针鉴定粪内虫种均已见有报告。
