用活检标本，接触镜及接触镜清洗液、保存液，在室温下，放入用大肠埃希杆菌如大肠埃希菌(Escherichia coli)，产气杆菌(Enterobacter aerogenes)，Klebsiella肺炎杆菌(Klebsiella pneumoniae)等制备的无养分琼脂培养基中有时仅24h即可使棘阿米巴生长阳性。
1.共焦激光显微镜：可发现阿米巴滋养体和包囊。
2.角巩膜活检：必要时可以进行，棘阿米巴可直接侵犯巩膜组织，同时伴以多形核白细胞为主的炎细胞浸润，有少量的巨噬细胞和淋巴细胞，活检组织还可以用姬姆萨染色、Masson三重染色法(Masson trichrome)、GMS、Wright染色、CFW和荧光素标记抗体染色可找到棘阿米巴。
