1.10%KOH湿封片检查
取病灶区角膜刮片组织，棘阿米巴原虫的培养物或手术切除的角膜材料，涂于或铺于载玻片上，加1滴10%KOH溶液，普通显微镜下清晰显示该原虫的双层壁包囊形态，该方法简单，实用，适合基层医院开展，有条件的医院可采用Hemacolor染色，三重染色，Calcoflour white等其他染色方法检查。
2.棘阿米巴原虫培养
将角膜刮片组织放入2%无营养琼脂表面滴1滴活的或死的大肠埃希杆菌肉汤于接种物表面，放35℃温箱内培养，一般于3～7天可繁殖出大量的棘阿米巴原虫，通过倒置显微镜可直接观察到棘阿米巴原虫的滋养体和包囊，以及棘阿米巴原虫在温蒸馏水中形成棘突的状态。
3.免疫荧光技术检查
目前至少有8种棘阿米巴原虫可引起人类角膜炎，可应用不同种的棘阿米巴原虫抗体通过间接免疫荧光方法对棘阿米巴原虫进行种别鉴定，目前，我国还没有这类抗体，如必要可送往美国疾病控制中心(CDC)进行鉴定。
4.病理切片染色检查
材料取自环钻钻取的角膜病变组织和手术切除的角膜病变组织，经固定，脱水，浸蜡，包埋，切片，然后再经苏木精-伊红(HE)或过碘酸-Schiff(PAS)染色，通过上述两种方法染色可清晰的显示角膜内棘阿米巴原虫的包囊，通过病理检查还可验证刮片或原虫培养的结果，根据需要和条件也可对病理切片经吉姆萨，瑞氏，三重和Calcoflour white等染色方法进行诊断。
5.共焦显微镜直接检查
上述检查方法均属创伤性诊断技术，为了获取组织，需在病灶部位采取，造成角膜一定的损伤，最近推出的共焦显微镜(confocal microscope)可直接对AK患者进行观察，是一种无创伤，对比度高，放大率高的早期快速诊断方法，可在角膜各层(从上皮至内皮)查到棘阿米巴原虫的影像，有时甚至可以发现棘阿米巴原虫伸出的伪足，或不规则的神经肿胀增厚和边缘粗糙的影像。
