血，尿，痰，脑脊液和皮损组织培养， 血培养对播散性感染的诊断非常有用，皮肤组织病理的培养也有提示作用，皮肤活检示真皮侵入菌丝和关节孢子，部分可见血栓性脉管炎，应注意从痰和尿中培养出毛孢子菌，可能为定植菌而非感染，但对于中性粒细胞减少患者，从任何标本中培养出此菌均应认真对待，并做进一步评估。
血清学检查：在培养结果出来前，可采用血清学方法评估，毛孢子菌与新生隐球菌多糖有交叉抗原。
