念珠菌可采取从病变部刮取或拭取的标本制作氢氧化钾湿堆片，或涂片革兰染色进行检查，见有大量的球状出芽酵母菌型和假菌丝，为特征性发现，怀疑有念珠菌食管炎的患者，则不仅应做内镜刷取标本检查，同时应做活检,以进一步从组织病理学查找念珠菌侵袭黏膜的证据，由单纯疱疹病毒或巨细胞病毒所引起的食管炎，与念珠菌食管炎的表现相似;而在同一患者，由一种以上的病原微生物引起感染者亦非罕见，怀疑念珠菌血症或播散性念珠菌病的患者，应采用新的高度敏感系统之一，如溶解离心沉淀(lysis centrifugation)，双相培养基(biphasic media)，或自动化非放射量计方法(automatic non-radiometer method，例如BACTFEC，Bact/Alert，或ESP)进行血液念珠菌培养，应连续2天，分别采血进行2次培养，过去10年来所积累的资料表明，单次念珠菌属菌种血培养阳性，应假定临床有明显念珠菌血症存在，值得抗真菌治疗，痰液，气管吸引液，伤口分泌物或尿液培养，见有大量念珠菌属菌种生长者，可增加侵入血流的可能性，但不能证明已出现播散，由于播散性念珠病患者血培养阴性者可高达50%，故诊断往往必须以活检组织的组织病理学检查与真菌培养结果为依据。
组织病理：
1.皮肤黏膜皮肤念珠菌病
主要为真皮的慢性炎症或角层下海绵状脓疱形成，角层浅部存在少量分隔，分支菌丝约2～4 祄直径，并有3～5 祄卵圆形孢子，处于发芽期，慢性皮肤黏膜念珠菌病表皮示乳头状增生，在角层及角栓内有成团和散在的菌丝和孢子，真皮有慢性炎症性细胞浸润，念珠菌肉芽肿呈明显乳头瘤样增生及角化过度，有游走到表皮的炎性细胞，真皮内可见致密的淋巴样细胞，中性粒细胞，浆细胞及多核巨细胞浸润，并深入至皮下，偶尔在真皮中可发现菌丝及孢子。
2.系统性念珠菌病
真菌分布于实质细胞内，呈多发性脓肿，一般在肝，胃肠及肾中多见，镜下呈急性炎症反应，有以中性粒细胞浸润为主的微脓肿，HE染色可见脓细胞间散布有浅色酵母样菌体，PAS及GMS染色可见呈薄壁的卵圆形孢子，3～6 祄大小，有假菌丝，在白细胞减低患者的病变处无细胞反应，可伴出血凝固性坏死，少数病变内有肉芽肿反应，内含有真菌的孢子，菌丝的多形巨细胞。
