与其他疾病一样食管结核的诊断必须是综合性的，单靠临床表现，影像学检查及食管内镜检查而缺乏病原学证据易出现漏诊和误诊，实验室检查，尤其是细菌学检查是食管结核诊断的核心，是确定诊断的检查项目，目前临床常用的实验室检查方法有以下几种。
1.细菌学检查
食管内镜检查取得的活检标本进行培养，如能找到结核杆菌，即可诊断食管结核，但有吞咽障碍的病人几乎都就诊于综合医院的胸外科或消化内科等，而不是结核专科医院，而活检标本中结核杆菌的含量及较严格的培养条件等因素使得细菌培养的阳性率甚低，且在国内较多的综合性医院中实施起来也十分困难。
2.组织病理学检查
Rosario等(1989)报道对食管内镜检查取得活检标本进行病理学检查可发现抗酸杆菌，但对其进行细菌培养却无法找到结核杆菌，他们推测可能是由于之前曾进行过抗结核治疗的缘故。
3.结核菌素试验
结核菌素是结核杆菌的特异产物，是鉴定人体是否感染结核杆菌以及人体对结核杆菌感染反应程度的一种生物制剂，广泛应用于结核病的流行病学调查和临床诊断及鉴别诊断，目前临床采用的结核菌素试验是结核菌素纯蛋白衍生物(purified protein derivation of tuberculin)试验，即PPD试验。
疑有食管结核的病人进行PPD试验时，如结果呈强阳性，则有利于食管结核的诊断;如呈一般性阳性反应或阴性，需加大浓度重复试验，其结果如仍无显著变化，则可除外食管结核的诊断，但应注意一些重症病人，使用免疫抑制剂治疗的病人及粟粒型食管结核病人可能出现阴性反应;对PPD试验新近转阳者，应考虑食管结核的可能。
4.血清学试验
血清学检查血清凝集素试验滴度大于1∶160，有一定诊断价值，用放免法及酶联法检测血清中甘露聚糖抗原，或用琼脂凝胶扩散和反向免疫电泳检测真菌抗体等，对真菌感染似有特殊价值，但有待进一步验证。
5.其他检查
(1)血沉：由于组织坏死和炎性改变，重症和急性进展期的食管结核病人的血沉多增快，当组织修复，病变吸收时血沉可恢复正常。
(2)血象：食管结核病人由于长期慢性消耗和营养障碍而发生继发性贫血，红细胞和血红蛋白可有不同程度的减少，但慢性缺氧及呼吸功能不全者往往有代偿性红细胞增多。
影像学检查
影像学检查是诊断食管结核的重要方法，在食管结核的影像学检查中以食管钡剂造影检查为首选，可较为准确地判断病变的长度，黏膜及管腔改变，胸部X线透视，平片及颈椎和胸椎正，侧位片可能发现肺内结核病灶，颈，胸椎结核引起的椎体破坏及冷脓肿形成，纵隔及肺门淋巴结肿大及钙化，纵隔积液及脓肿引起的纵膈阴影增宽等征象，CT检查为辅助手段，对于食管管壁的厚度，有无细小钙化，小的坏死腔，食管周围情况如纵隔内的少量积液，脓肿，脊椎结核破坏等的显示更准确，MRI检查对食管结核的诊断价值有限。
(1)食管钡剂造影：
食管结核病人若因吞咽困难而作X线钡剂造影检查，其X线表现缺乏特异性，此时的诊断思路如果仅仅局限于多发病，常见病上，易误诊为食管恶性肿瘤，有时食管结核的X线表现甚至可能正常，往往造成漏诊。
食管结核的钡剂造影检查可以发现下列征象：①溃疡型几乎都发生在食管中段，主要表现为食管管腔溃疡，可见龛影，但也并非所有病人都能见到溃疡所形成的龛影这一征象，由于瘢痕收缩及周围组织粘连而使管腔轻度狭窄或正常，黏膜纹理粗乱不规则，管壁轮廓可不规则呈锯齿状，但管壁僵硬不明显，仍有一定的扩张度，钡剂可顺利通过，②增殖型多见于食管中段，其次为下段，X线检查多显示程度不等的管腔狭窄，为侧壁局限性充盈缺损，大小不一，管壁有一定弹性，钡剂通过缓慢，而无梗阻，在充盈缺损附近有软组织肿块影，为增厚的管壁或肿大之淋巴结，病变区域的黏膜纹理可以正常，或变形甚至完全消失，有软组织肿块形成，表现为双边阴影，外侧的边缘系因钡剂附着于黏膜而形成，内侧边缘因管壁肥厚隆起而形成，③纵隔淋巴结结核压迫侵及食管的改变如同增殖型结核，有时结核只侵犯肌层和食管外膜时，向腔内隆起的管壁有时可形成与肿瘤不易区别的卵圆形充盈缺损，常发生误诊，此时观察可发现病变周围可有肿大淋巴结影，邻近食管可有受压，移位或牵拉成角，④有食管憩室或穿孔者可显示食管憩室及食管瘘形成，其改变如同溃疡型结核，⑤贲门结核极罕见，多由于贲门周围淋巴结结核局部干酪坏死直接侵犯贲门所致，由于缺乏特征性表现而极易误诊，主要的X线钡剂造影检查征象为钡剂通过贲门时扩张稍差，贲门部黏膜增粗，黏膜下有充盈缺损，胃底贲门部有结节样肿块，黏膜撑开有分流，管腔虽狭窄或有充盈缺损，但形态尚规则，贲门仍可扩张，如病人出现上述征象，结合结核病病史，应考虑本病的可能。
(2)CT检查：
单纯进行食管CT扫描检查不易对食管结核进行诊断，但在食管X线造影检查阴性的情况下进行食管CT扫描检查可以清晰地显示隆突下，气管，支气管旁及食管旁淋巴结肿大情况，对于食管结核的诊断有着重要意义，进行CT扫描检查时，最好口服稀释的碘造影剂，扫描范围要求从颈部至膈肌，CT扫描检查可显示下列征象：①食管腔不规则狭窄，管壁增厚及小的溃疡，②管壁内有干酪性坏死时，可显示小的坏死腔，③若食管结核为食管周围及纵隔淋巴结结核直接侵入食管壁所致，则可见到与食管管壁密切相邻的肿大淋巴结，④如有食管穿孔，则可显示纵隔内积液，脓肿形成及食管与气管间的瘘道，并可见纵隔内的游离气体，食管周围积液与软组织肿胀等。
(3)MRI检查：MRI检查对食管结核的诊断意义不大，但可多轴位成像，因而对纵隔和脊柱的显示较好，对于脊椎破坏，纵隔淋巴结肿大，食管纵隔瘘引起的纵隔炎和纵隔脓肿的显示有帮助。
2.内镜检查
内镜检查能直接观察到局部损害，并能进行活体组织学检查和细菌学检查，常可有阳性发现，重复多次内镜活检可以提高诊断阳性率，但也有连续作5次内镜检查并取活检仍为阴性结果，最后行手术才确诊食管结核的报道，因此Eng等(1991)提出若食管内镜重复活检持续阴性，可在密切观察下行试验性抗结核治疗，治疗过程中如吞咽困难，胸痛及结核中毒症状均减轻，复查内镜见病灶缩小，甚至痊愈，且无肿瘤证据，则可诊断为食管结核，试验治疗时间不宜超过2个月，如2个月内无好转迹象，仍应考虑食管恶性肿瘤的可能。
内镜直视下若发现食管溃疡较深较大或局部管壁被多个溃疡所分隔时，应特别警惕食管结核的可能，事实上内镜直视下的各种大体表现都对食管结核或恶性肿瘤的诊断不具有定性意义，所以过去许多作者认为内镜检查对食管结核的诊断帮助不大，食管内镜检查的临床意义并不在于其能确诊结核，而在于其能在进行食管结核的诊断时除外食管癌或其他病变。
内镜检查较为特征性的镜下所见有：
①食管黏膜有浅在鼠啮状溃疡，基底呈灰白色，有渗出物，局部水肿。
②食管黏膜上可有多个黄色的隆起状肉芽组织，即所谓结核球，软而脆，但不易出血。
③增殖型可见黏膜充血，黏膜上有较多微小黄色赘疣覆盖。
④当有食管气管瘘时，则可见瘘口，咳嗽时可有气体或分泌物自瘘口溢出。
⑤通过活体组织学检查可见到肉芽肿，抗酸染色可发现抗酸杆菌(acid-fast bacillus)。
⑥若系食管周围淋巴结结核所引起，内镜下可见到食管壁压迫肿胀，管腔有狭窄现象;如食管周围淋巴结结核已破溃入食管，则可见于酪样物和坏死肉芽组织。
⑦如检查时病变已经愈合，则可见到不同程度的瘢痕和狭窄。
